Nació en Rivera de Fresno, en Extremadura, España, el 2 de marzo de 1585. Era muy niño cuando sus padres murieron, quedando él bajo el cuidado de un tío suyo que lo hizo trabajar como pastor. Después de un tiempo conoció a un comerciante con el cual comenzó a trabajar, en 1616 el mercader viajó a América y Juan junto con él.
Llegó primero a Cartagena y de ahí decidió dirigirse al interior del Reino de Nueva Granada, visitó Pasto y Quito, para llegar finalmente al Perú donde se instalaría por el resto de su vida. Recién llegado obtuvo trabajo en una hacienda ganadera en las afueras de la capital y en estas circunstancias descubrió su vocación a la vida religiosa. Después de dos años ahorró un poco de dinero y se instaló definitivamente en Lima.
Repartió todo lo que tenía entre los pobres y se preparó para entrar a la Orden de Predicadores como hermano lego en el convento de dominicos de Santa María Magdalena donde había sido admitido.
El 23 de enero de 1622 tomó los hábitos.
Su vida en el convento estuvo marcada por la profunda oración, la penitencia y la caridad. Por las austeridades a las que se sometía sufrió una grave enfermedad por la cual tuvo que ser intervenido en una peligrosa operación. Ocupó el cargo de portero y este fue el lugar de su santificación. El portón del monasterio era el centro de reunión de los mendigos, los enfermos y los desamparados de toda Lima que acudían buscando consuelo. El propio Virrey y la nobleza de Lima acudían a él en busca de consejos.
Andaba por la ciudad en busca de limosna para repartir entre los pobres. No se limitaba a saciar el hambre de pan, sino que completaba su ayuda con buenos consejos y exhortaciones en favor de la vida cristiana y el amor a Dios.
Murió el 16 de setiembre de 1645 y fue canonizado el 28 de setiembre de 1975 por Pablo VI.
